并不是所有的虚拟机监控程序和操作系统都有很好的兼容性。避免并发症的最好的方法就是测试你的嵌套虚拟化部署。

也许嵌套虚拟化的最值得关注的限制问题是嵌套在其他虚拟机管理程序的兼容性。并不是所有的虚拟机监控程序和操作系统版本在其他虚拟机监控程序可以嵌套成功。例如，如果Xen 4.5.0-rc4作为主机系统管理程序(L0)，而VMware ESX作为客户管理系统(L1和L2)，Windows 7或Windows 8操作系统据说不会引起BSOD（蓝屏死机），而使用x86或x64 RHEL版本时，虚拟机工作站将引起启动问题。

旧管理程序不支持虚拟化处理器增强扩展页表(EPT)或快速虚拟化索引，你只能运行32位(x86)客户实例，如VT-x或AMD-V处理器扩展仍必须提交给L0管理程序。

一些嵌套组合在扩展页表中存在问题，例如在L1 EPT，Xen支持L2 EPT或虚拟机控制结构(VMCS)屏蔽，但Xen不会处理L1屏蔽上的L2 EPT或VMCS屏蔽。这个功能暂不支持。在其他情况下，在L1虚拟机管理程序为L2使用客户分页可能会破坏并锁定L0虚拟机管理程序。

一般来说，能够发现一个嵌套程序可以产生一系列复杂的相关性问题，这一点很重要。所以，在某种程度上改变管理程序版本可以造成嵌套虚拟机管理程序和操作系统出现不稳定的问题。在每个嵌套级并不是所有虚拟化硬件增强能都得到支持。这可能会导致性能问题、稳定性问题或直接导致虚拟机启动失败。在部署更改之前务必进行基准测试，不要以为新版本总是完美无缺的。在嵌套程序环境中参考最新的程序文档并评估任何供应商的测试结果，他们可能已经发现不兼容问题，甚至发现解决方法。

嵌套虚拟化在很大程度上仍然被认为是实验性的，而不适合应用在大规模生产环境中。这主要是因为当嵌套在其他虚拟机监控程序产品中，并不是所有版本的虚拟机监控程序都能以最佳性能运行，兼容性模型仍在发展中。规划一个嵌套虚拟化部署时做一些必要的调查是很重要的，并检查每个将会用到的程序以便了解现有供应商支持特定L0、L1甚至L2层次结构。用基准问题测试产品组合验证性能，并确定额外的服务器硬件或软件升级可以提高嵌套程序的性能。