几乎所有的桌面虚拟化厂商都有自己的管理工具套件，没完全与你现有的工具集成，缺乏跨平台环境进行有效管理的能力。不过VDI产品与Microsoft Systems Center有良好集成的发展趋势。

　　VMware and Quest Software都开始为VDI管理产品提供System Center集成。但是什么版本的System Center可管理VMware View与Quest的vWorkspace有限制。

　　例如，在虚拟桌面运行Windows的组织能使用微软的System Center套件管理运行Hyper-V的虚拟桌面。但如果虚拟桌面宿主在非微软hypervisor上，如VMware vSphere，System Center可能没法提供低级别的管理功能，如监控VDI架构性能的能力。

　　这些限制都可归结于经济能力。VDI厂商投资了大量金钱开发自己的管理工具。所以厂商希望用户使用他们的管理工具，而不是微软的产品。

　　不过在跨平台环境管理需要努力。微软创建了System Center Alliance，一些厂商承诺为System Center提供附件，或以自己的方式设计产品来管理微软的System Center套件。

　　虽然不是所有的System Center Alliance成员关注桌面虚拟化，思杰、RingCube Technologies、RES Software与AppSense关注。Virtual Computer也加入了该联盟，推出了NxTop客户端虚拟化产品。

　　Virtual Computer’s NxTop是个裸机客户端hypervisor，直接在终端用户的笔记本上运行虚拟机。每个虚拟桌面运行自己的客户端hypervisor和桌面操作系统。

　　考虑到Virtual Computer实现桌面虚拟化的形式，与微软的合作就很有意义。网络管理员能使用System Center Configuration Manager建立虚拟桌面镜像，然后可部署到终端用户计算机。由于虚拟桌面镜像独立于硬件，单个镜像可在整个组织部署。

　　使用System Center与桌面虚拟化产品的好处在于延伸虚拟桌面部署。IT人士也能使用Systems Center执行其他通用管理任务，如收集桌面硬件与软件清单。

　　这种与Systems Center的集成能让IT人士受益，多数VDI厂商也会持续与微软Systems Center集成，因为最终，他们希望用户使用他们的管理工具。